Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, năm 2010, sau khi được giao 4 cơ sở nhà đất nêu trên (số 33 Nguyễn Du và 34-36-42 Chu Mạnh Trinh, phường Bến Nghé), Tổng công ty Lương thực miền Nam đã liên kết, góp vốn với Công ty TNHH quảng cáo, xây dựng, địa ốc Việt Hân (Công ty Việt Hân) thành lập Công ty TNHH thương mại, dịch vụ, xây dựng Việt Hân Sài Gòn (Công ty Việt Hân Sài Gòn) để thực hiện dự án xây dựng khách sạn, văn phòng, trung tâm thương mại trên khu đất.

Quá trình hợp tác giữa VINAFOOD II và Công ty Việt Hân trong chuyển nhượng đất đai, thoái vốn nhà nước có nguy cơ gây thất thoát tài sản nhà nước. Đáng chú ý, trong quá trình hợp tác với nhà đầu tư tư nhân, chuyển đổi đất công thành đất tư, VINAFOOD II đã nhiều lần cố ý làm trái ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng.

Cụ thể, VINAFOOD II không thực hiện lập lại phương án sắp xếp lại 4 cơ sở nhà đất (số 33 Nguyễn Du, số 34-36-42 Chu Mạnh Trinh) theo Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg ngày 19/1/2007 của Thủ tướng để trình các cơ quan có thẩm quyền thẩm định và trình Thủ trướng quyết định.

Bên cạnh đó, VINAFOOD II cũng đã tự ý liên kết hợp tác với Công ty Việt Hân, không lập thủ tục liên kết, góp vốn trình Bộ NN&PTNT, Bộ Tài chính thẩm định trước khi trình Thủ tướng quyết định.

Tiếp đó, mặc dù UBND TPHCM, Bộ Tài chính, Bộ NN&PTNT đã có nhiều văn bản hướng dẫn, yêu cầu VINAFOOD II xây dựng phương án thoái vốn góp tại Công ty Việt Hân Sài Gòn theo quy định, nhưng VINAFOOD II không thực hiện.

Ngày 25/11/2015, VINAFOOD II thực hiện chuyển nhượng 4 cơ sở nhà đất nói trên cho Công ty Việt Hân Sài Gòn. Đại diện Công ty Việt Hân Sài Gòn đã dùng chính số tiền góp vốn điều lệ trong công ty để mua 4 cơ sở nhà đất là tài sản do VINAFOOD II đang được giao quản lý.

Sau khi bán xong 4 cơ sở nhà đất và nhận đủ tiền, VINAFOOD II mới báo cáo Bộ NN&PTNT chấp thuận cho triển khai nhanh việc xử lý nhằm khắc phục thua lỗ trong hoạt động kinh doanh.

VINAFOOD II không thực hiện lập phương án bồi thường, hỗ trợ, di dời 34 hộ dân đang sinh sống tại các cơ sở nhà đất 33 Nguyễn Du, 34-36 Chu Mạnh Trinh để trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Kết luận của Thanh tra Chính phủ cũng chỉ rõ, Công ty Việt Hân Sài Gòn đã lợi dụng Giấy kèm chứng thư xác định trị giá tài sản đảm bảo hơn 7.000 tỷ đồng để bảo đảm cho nghĩa vụ trả nợ cùng lúc cho 7 công ty khác với khoản vay hơn 6.000 tỷ đồng bằng cách lập dự án khống với tên The Golmark Premium Tower.

Dự án trên không tồn tại, không có thủ tục xin lập dự án, không có phê duyệt dự án của các cơ quan có thẩm quyền. Đồng thời, việc thế chấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất vay ngân hàng hàng ngàn tỷ đồng nói trên vi phạm các quy định của Luật các tổ chức tín dụng đối với khách hàng của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước, Chính sách tín dụng, Quy trình lõi cấp tín dụng, Quy chế phán quyết cấp tín dụng của Ngân hàng thương mại cổ phần.