Mỗi khu vực đều có chức năng và đặc điểm riêng, thể hiện mức độ an ninh và khắc nghiệt khác nhau
Khu A là nơi giam giữ tạm thời những tù nhân mới đến Alcatraz.
Khu B và C là hai khu giam giữ phần lớn tù nhân tại Alcatraz, được chia thành nhiều dãy phòng giam
Khu D có biệt danh là “khu biệt giam”, được xem là nghiêm ngặt và khắc nghiệt nhất trong nhà tù Alcatraz
Đây là nơi giam giữ những tù nhân được coi là nguy hiểm nhất, với hệ thống những buồng giam cách ly có mức độ an ninh cao nhất
Alcatraz còn có biệt danh là "The Rock", xung quanh là nước có nhiệt độ khoảng 4-10 độ C
Cùng với song sắt, luật lệ nghiêm ngặt và các tháp canh được bố trí lính vũ trang dày đặc khiến nhà tù trở thành nỗi ám ảnh chết chóc cho tù nhân nào muốn đào tẩu
4 quyền dành cho mỗi tù nhân là: quần áo, thực phẩm ba bữa một ngày, chỗ ở và chăm sóc y tế, nha khoa, tâm thần
Các quyền bổ sung dành cho tù nhân có hành vi tốt, bao gồm đi đến thư viện, chơi bóng mềm hoặc bóng chày, đi nhà thờ, nghe đài, xem phim trong khán phòng và chơi cờ vua, cờ caro hoặc cờ domino
Một lý do khiến các tù nhân muốn được chuyển đến Alcatraz là thức ăn ngon và ăn bao nhiêu tùy ý