Hoàng Dược Sư được miêu tả có tính cách kiêu ngạo, thường chê bai cổ nhân. Ông là đảo chủ đảo Đào Hoa, tính tình quái dị, cô độc, làm mọi chuyện theo ý mình. Tuy vậy, ông là bậc kỳ tài thông minh, tinh thạo đủ điều trong chốn nhân gian. Không chỉ có võ công cao siêu, cầm kì thi họa cái gì ông cũng tường tận.

Các bộ võ công nổi tiếng của Hoàng Dược Sư có thể kể đến Đàn Chỉ thần thông, Lạc Anh kiếm pháp, Đào Hoa Lạc Anh chưởng, Bích hải triều sinh khúc, Kỳ môn ngũ chuyển,...

Không chỉ nổi tiếng với võ công thuộc hàng đệ nhất, như bao anh hùng võ hiệp khác, Hoàng Dược Sư cũng tình sử đầy cảm động nhưng cũng không kém phần bi ai. Trong Tiền anh hùng xạ điêu đã nhắc đến câu chuyện chuyện tình cảm trên đảo Đào Hoa. Mai Siêu Phong là nữ đồ đệ yêu đơn phương sư phụ Hoàng Dược Sư. Chuyện tình cảm giữa ông và nữ đồ đệ như một chuyện tình hữu duyên vô phận.

Sợ điều tiếng trong thiên hạ là Hoàng Lão Tà lấy đồ đệ làm vợ nên sau này ông đã kết hôn với Phùng Hành, nữ sĩ tử vô cùng xinh đẹp kém Hoàng Dược Sư đến 25 tuổi. Dù chênh lệch khá lớn về tuổi tác nhưng cả hai vẫn sống hạnh phúc.

Sau này, khi Mai Siêu Phong lén kết làm vợ chồng với đại đệ tử của Hoàng Dược Sư là Trần Huyền Phong, Vì sợ sư phụ phát hiện nên cả hai đã lấy trộm quyển hạ của Cửu Âm Chân Kinh rồi bỏ trốn khỏi đảo Đào Hoa.

Phùng Hành tuy không có võ công nhưng lại sở hữu trí nhớ siêu phàm. Chỉ vì thương yêu, hết lòng muốn giúp chồng, người vợ trẻ đã cố tâm nhớ lại Cửu Âm Chân Kinh chỉ được đọc 1 lần từ nhiều năm trước, rồi chép lại cho Hoàng Dược Sư. Do tổn hao tâm lực quá nhiều, lại đang lúc mang thai nên người thiếu phụ đã sinh bệnh, mất ngay khi vừa sinh hạ Hoàng Dung.

Chuyện tình của Hoàng Dược Sư và Phùng Hành được nhiều lần khắc họa trong các tác phẩm điện ảnh và truyền hình. Trong đó, nổi bật nhất phải kể đến tác phẩm Cửu Âm Chân Kinh của đài TVB do giám chế Phan Gia Đức chỉ đạo. Vai diễn Hoàng Dược Sư của Khương Đại Vệ trong phim được khán giả đánh giá thực sự rất xuất sắc.

Bộ phim xoay quanh nhân vật Đông Tà Dược sư (Khương Đại Vệ) và Phùng Hành (Lương Bội Linh). Phùng Hành vốn là thánh nữ của ma giáo, trong một lần bị kẻ địch truy kích, nàng được Dược Sư cứu nguy rồi sau đó hai người đem lòng yêu nhau say đắm. Trong trận chiến giành những bí kíp võ công của giang hồ, Hoàng Dược Sư bị trúng kịch độc. Phùng Hành đã liều mạng lừa Chu Bá Thông (Liêu Khải Trí), mượn đọc Cửu Âm Chân Kinh một lần rồi sử dụng trí nhớ siêu việt củ mình để chép lại 1 bản khác y hết, chữa độc cho Hoàng Dược Sư.

Trở lại với sự việc Mai Siêu Phong đánh cắp Cửu Âm Chân Kinh bỏ trốn và Phùng Hành qua đời sau khi sinh Hoàng Dung. Hai sự việc diễn ra liên tiếp khiến Hoàng Dược Sư chịu chấn động mạnh về tâm lý. Ông đánh gãy chân những đệ tử còn lại, đuổi ra khỏi đảo. Cũng khoảng thời gian đó, Châu Bá Thông tìm đến đòi lại bí kíp tuyệt học cũng bị ông nhốt lại trên đảo Đào Hoa. Từ đó, Hoàng Dược Sư một mình nuôi Hoàng Dung và dành hết tình cảm cho cô con gái duy nhất.

Thông qua câu chuyện và những hành động của Hoàng Dược Sư, độc giả của võ hiệp Kim Dung đều cảm nhận được rõ nét rằng, ông là một người si tình, hết lòng yêu vợ thương con, trái ngược hoàn toàn với vẻ ngoài lạnh lùng, kiêu ngạo của danh xưng Đông Tà.