Mức thu lệ phí được áp dụng theo 3 khu vực, khu vực I gồm Hà Nội và TP.HCM; khu vực II gồm các thành phố trực thuộc T.Ư (trừ Hà Nội và TP.HCM), các thành phố trực thuộc tỉnh và các thị xã; khu vực III gồm các khu vực khác ngoài khu vực I và khu vực II. 

Mức thu lệ phí cấp mới (đăng ký lần đầu) giấy đăng ký kèm theo biển số đối với xe máy được tính theo giá tính lệ phí trước bạ. Mức thu này dao động từ 500.000- 4 triệu đồng đối với khu vực I; từ 200.000 - 800.000 đồng đối với khu vực II; 50.000 đồng đối với khu vực III và xe máy 3 bánh chuyên dùng cho người tàn tật.

Đối với xe ô tô con dưới 10 chỗ ngồi (kể cả ghế lái xe) trở xuống không hoạt động kinh doanh vận tải hành khách, mức thu lệ phí cấp mới (đăng ký lần đầu) giấy đăng ký kèm theo biển số là 2 - 20 triệu đồng tại khu vực I, 1 triệu đồng tại khu vực II, 200.000 đồng tại khu vực III.

Căn cứ vào mức thu trên, HĐND TP.Hà Nội và TP.HCM ban hành mức thu cụ thể phù hợp với tình hình địa phương.

Thông tư số 127/2013 của Bộ Tài chính có hiệu lực thi hành từ 1/11/2013.