Theo Nghị định số 25, Bộ Nội vụ có 18 đơn vị hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước gồm: Vụ Tổ chức - Biên chế; Vụ Chính quyền địa phương; Vụ Công chức - Viên chức; Vụ Tổ chức phi chính phủ; Vụ Cải cách hành chính; Vụ Công tác thanh niên và Bình đẳng giới; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Pháp chế; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Thanh tra Bộ; Văn phòng Bộ; Cục Văn thư và Lưu trữ nhà nước; Cục Tiền lương và Bảo hiểm xã hội; Cục Việc làm; Cục Quản lý lao động ngoài nước; Cục Người có công; Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương.

4 đơn vị sự nghiệp công lập, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ gồm: Trung tâm Công nghệ thông tin; Viện Khoa học Tổ chức nhà nước và Lao động; Tạp chí Tổ chức nhà nước và Lao động; Báo Dân trí.

Trụ sở Bộ Nội vụ.

Sau khi hợp nhất Bộ Nội vụ và Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội, Bộ Nội vụ đã giảm 13 đầu mối so với ban đầu, từ 35 xuống còn 22 đơn vị. Tổng số biên chế sau hợp nhất của Bộ Nội vụ gồm trên 3.000 cán bộ, công chức, viên chức và người lao động, trong đó số công chức là trên 800 người.

Theo Nghị định 25, Bộ Nội vụ là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực: Tổ chức hành chính, sự nghiệp nhà nước; tổ chức chính quyền địa phương; cán bộ, công chức, viên chức và công vụ; lao động, tiền lương, bảo hiểm xã hội; việc làm; an toàn, vệ sinh lao động; hội, quỹ xã hội, quỹ từ thiện, tổ chức phi chính phủ; người có công; thanh niên; bình đẳng giới; văn thư, lưu trữ nhà nước; thi đua, khen thưởng và quản lý nhà nước đối với các dịch vụ công thuộc ngành, lĩnh vực quản lý nhà nước của bộ theo quy định của pháp luật.