Trong phần bào chữa, luật sư Oanh cũng chỉ rõ thêm một số sai phạm của cơ quan điều tra như có dấu hiệu bỏ lọt tội phạm, một số bút lục có dấu hiệu tẩy xóa, một số bản khám nghiệm hiện trường chỉ có bản ảnh mà không có sơ đồ; kết quả giám định không khách quan (mẫu gửi và mẫu thu không thống nhất; mẫu gửi đi nhiều gấp đôi mẫu thu). Chính vì thế, luật sư Oanh đặt câu hỏi: không biết mẫu thu về không biết có phải là của nạn nhân Tuấn Anh hay không?

Cũng theo luật sư Oanh, việc cơ quan điều tra không dựng lại hiện trường, thực nghiệm điều tra trong khi chứng cứ khác của vụ án chưa chắc chắn khiến việc điều tra không khách quan, đầy đủ. Việc lấy lời khai có biểu hiện không khách quan. Tại phiên tòa nhiều bị cáo Phùng Mạnh Tuấn và Phùng Đắc Tú đã khai rằng do bị đánh bắt buộc phải khai không đúng sự thật, được điều tra viên chép lời khai của các bị cáo khác.

Đồng thời, vị luật sự đã chỉ ra những sai phạm trong quá trình tiến hành tố tụng, tuyên án của cấp xét xử sơ thẩm. Thứ nhất là không giải quyết yêu cầu trả lại hồ sơ điều tra bổ sung theo yêu cầu của gia đình bị hại. Trước khi mở phiên sơ thẩm, gia đình bị hại có đơn yêu cầu làm rõ một số tình tiết trong vụ án cũng như yêu cầu Hội đồng xét xử trả lại hồ sơ, dựng lại hiện trường nhưng đều bị bỏ qua.

Sai phạm của cơ quan cảnh sát điều tra, tại bút lục 06 gửi VKS Vĩnh Phúc đã kết luận nội dung vụ án, Phùng Mạnh Tuấn huých đầu Tuấn Anh, Tú đen đuổi kịp đánh vào lưng Tuấn Anh. Đến bờ kênh, Tuấn trọc đuổi kịp đạp Tuấn Anh xuống nước. Tuy nhiên, đối chiếu lời khai trước đó không có bị cáo nào khai như vậy cả. Về việc thiếu hồ sơ về vết máu ở đường bê tông. Việc khám nghiệm hiện trường tại đường Kim Xá không có biên bản, sơ đồ mà chỉ có bản ảnh. Việc lập lý lịch bị cáo không ghi rõ ngày tháng năm sinh gây nhầm lẫn, không chính xác. Sai phạm liên quan đến giám định, sử dụng kết quả giám định không đúng với hiện trường. Tại phiên bản khám nghiệm hiện trường tử thi, chỉ thu 25g tim, phổi, não, 100ml máu để giám định. Tuy nhiên, trong cùng ngày đã tiến hành giám định và gửi đi 40g phổi, tim, dạ dày .Kết luận chết ngạt nước không đúng vì kết quả khám nghiệm của Đại học Y không phải cơ quan chuyên môn của tỉnh Vĩnh Phúc nên không thể sử dụng kết quả của Đại học Y.

Viện Kiểm sát Nhân dân cho rằng, hồ sơ vụ án giết người xảy ra tại phường Hội Hợp (TP Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc) có rất nhiều bút lục của điều tra viên đã bị tẩy xóa, sửa nội dung; nhiều biên bản liên quan đến vụ án không phải do điều tra viên lập; nhiều bút lúc lấy lời khai nhân chứng và người liên quan không có chữ ký của điều tra viên.

Cũng theo vị đại diện Viện kiểm sát, qua xem xét hồ sơ và các bút lục, có thể thấy: nhiều bản tự khai của bị cáo bị truy tố về tội giết người được chép ra từ biên bản lấy lời khai mà điều tra viên thực hiện. Lời khai các bị cáo trùng lặp nhau biểu hiện của sự sao chép. Ngoài ra, mặc dù lời khai của các bị cáo bị truy tố về tội giết người có mâu thuẫn nhưng không được cơ quan tố tụng tiến hành xác minh.

Với những biểu hiện vi phạm trong tố tụng, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định: "Cơ quan tố tụng cấp sơ thẩm đã vi phạm nghiêm trọng về quy trình điều tra, tố tụng. Cần hủy án sơ thẩm,trả hồ sơ điều tra lại từ đầu”.

Luật sư bào chữa cho bị cáo Phùng Mạnh Tuấn và Nguyễn Đắc Tú nhất trí với quan điểm của Viện Kiểm sát Nhân dân về yêu cầu trả hồ sơ điều tra. Luật sư đề nghị làm rõ: vì sao một số bút lục bị tẩy xóa? Ai đã làm vấn đề này? Mục đích của việc tẩy xóa bút lục này là gì

Chủ tọa Hà Tiến Triển khẳng định, kiến nghị của Viện Kiểm sát Nhân dân và Luật sư là có cơ sở. Vì vậy, Hội đồng xét xử quyết định hủy bản án sơ thẩm, trả lại hồ sơ điều tra lại từ đầu.